PCR實(shí)驗室設計的核心問(wèn)題是如何避免污染。在實(shí)際工作中，常見(jiàn)的有以下幾種污染類(lèi)型：擴增產(chǎn)物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發(fā)生污染，實(shí)驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實(shí)驗結果必須作廢，需重新進(jìn)行實(shí)驗。所以發(fā)生污染后再?lài)@實(shí)驗室來(lái)尋找污染源不但耗時(shí)而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。

1、工作區域的嚴格劃分

各個(gè)實(shí)驗區域設置合理；各個(gè)實(shí)驗區域要有明顯的標記（如醒目的門(mén)牌或不同的地面顏色等），以避免各個(gè)不同實(shí)驗區域設備物品、試劑等發(fā)生混淆。

2、合理的系統設置

合理的空調通風(fēng)系統設置，盡量采用全送全排的空調系統；嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實(shí)驗區內不同的壓力要求。

3、規范的操作

擴增檢驗實(shí)驗室的技術(shù)人員必須進(jìn)行上崗培訓，經(jīng)培訓合格后才能從事臨床基因擴增檢驗的工作；在實(shí)驗操作過(guò)程中，操作者必須戴手套，并經(jīng)常更換。此外，操作中使用一次性帽子也是一個(gè)有效地防止污染的措施；清潔工作及時(shí)、正確。實(shí)驗工作結束后，必須立即對本區進(jìn)行清潔。除常規的消毒液體對表面進(jìn)行擦拭消毒或紫外線(xiàn)燈的照射消毒外，對一些實(shí)驗設備還應進(jìn)行高壓消毒處理。

4、嚴格的管理

嚴格控制進(jìn)出實(shí)驗室的人員。與實(shí)驗無(wú)關(guān)的人員不得隨意進(jìn)出實(shí)驗室，有條件的情況下要設置獨立的通道和進(jìn)出整個(gè)實(shí)驗區的門(mén)；盡量減少在實(shí)驗區內不必要的走動(dòng)以減少交叉污染的可能性；擴增產(chǎn)物分析區是最主要的擴增產(chǎn)物污染來(lái)源，廢液不能在實(shí)驗室中傾倒，必須經(jīng)消毒液浸泡消毒后在遠離實(shí)驗室的地方棄掉，用過(guò)的吸頭等一次性材料也應經(jīng)消毒液浸泡消毒后統一處理，如焚燒等；擴增產(chǎn)物分析區可能會(huì )用到某些可致基因突變和有毒物質(zhì)，應特別注意實(shí)驗人員的安全防護。

5、完備的實(shí)驗室配套設施

完備的實(shí)驗室配套設施是保證實(shí)驗工作的必要條件，應根據各個(gè)實(shí)驗室實(shí)驗內容的不同配備相應的設備和儀器，如超凈工作臺、離心機、加樣器等。